Bydd pob system osmosis gwrthdro wedi'i llygru ac mae angen ei glanhau. Oherwydd bod nid yn unig un llygrydd fel arfer pan fydd llygredd yn digwydd, mae'r broses lanhau nodweddiadol fel arfer yn cynnwys dau gam: glanhau pH isel a glanhau pH uchel.
Dylid glanhau gwahanol lygryddion gyda gwahanol gyfryngau glanhau. Defnyddir glanhau alcalïaidd yn bennaf i gael gwared ar ficro-organebau neu lygryddion organig, a defnyddir glanhau asid yn bennaf i ddileu graddio. Dylid dewis yr asiant glanhau yn ôl y math o lygryddion a'r math o bilen er mwyn osgoi niweidio'r bilen.
Dylid pennu dilyniant defnydd asiantau glanhau yn ôl y problemau gwirioneddol. Y dilyniant glanhau arferol yw golchi asid yn gyntaf, ac yna golchi alcali.
Mewn rhai achosion, os mai mater organig neu ficro-organebau yw'r llygredd yn bennaf, gellir golchi alcali yn gyntaf, ac yna golchi asid, ac yna golchi alcali.
Y rheswm pwysig dros gymryd golchi alcalïaidd fel y cam olaf yw y gall agor y mandyllau bilen yn llawn ar ôl piclo, er mwyn adfer y llif cynhyrchu dŵr.
